يُنَصب رئيس الهيئة على قمة هرم التدرج الوظيفي للهيئة؛ حيث يُعين بقرار من رئيس الجمهورية، ويؤدي أمامه اليمين القانوني بأن يؤدي عمله بالذمة والصدق؛ وفقاً للمادة 35 و36 من قانون النيابة الإدارية ويتولى رئيس الهيئة رئاسة المجلس الأعلى للنيابة؛ وفقاً للمادة 2 مكرر من قانون النيابة الإدارية
كما يقوم رئيس هيئة النيابة الإدارية، قبل عرض مشروع الترقيات على المجلس بثلاثين يوماً على الأقل، بإخطار أعضاء النيابة الذين حل دورهم ولم تشملهم الترقيات؛ لسبب غير متصل بتقارير الكفاية، ويبين بالإخطار أسباب التخطي، ويخطر وزير العدل بصفة دورية بمن يحصل على تقريرين متواليين بدرجة أقل من المتوسط؛ وفقاً للمادة 38 مكرر 2 من قانون النيابة الإدارية
لرئيس هيئة النيابة الإدارية، أو من يفوضه - في حالة التحقيق - أن يأذن بتفتيش أشخاص ومنازل الموظفين المنسوبة إليهم المخالفة المالية أو الإدارية، إذا كانت هناك مبررات قوية تدعو لاتخاذ هذا الإجراء؛ وفقاً للمادة 9 من قانون النيابة الإدارية، كما
له أن يطلب وقف الموظف عن أعمال وظيفته إذا اقتضت مصلحة التحقيق معه ذلك؛ وفقاً للمادة 10 من قانون النيابة الإدارية
ويقدم رئيس الهيئة في نهاية كل عام إلى رئيس الجمهورية تقريراً شاملاً عن أعمال النيابة الإدارية متضمناً ملاحظاته ومقترحاته؛ وفقاً للمادة (44) من قانون النيابة الإدارية